W odróżnieniu od dużego hipopotama, karłowaty spędza mniej czasu w wodzie i więcej wśród leśnych zarośli. Jest samotnikiem i prowadzi skryty tryb życia, dlatego rzadko udaje się go zobaczyć.

Jego skóra wydziela substancję, która ją nawilża i chroni przed wysychaniem. Żeruje nocą, chodząc leśnymi ścieżkami i skubiąc rośliny, owoce i pędy.

Hipopotam karłowaty jest wyraźnie mniej beczkowaty niż jego duży krewniak — ma proporcjonalnie dłuższe nogi i mniej płaski, bardziej zaokrąglony grzbiet. Głowa jest mniejsza w stosunku do ciała, a oczy osadzone bardziej z boku, a nie na wierzchu czaszki.

Skóra jest ciemnozielonobrunatna do niemal czarnej, gładka i naga jak u dużego hipopotama, i podobnie wydziela naturalną, oleistą substancję chroniącą ją przed wysychaniem. Palce mają mniej rozwiniętą błonę międzypalcową niż u hipopotama zwyczajnego, bo mniej czasu spędza w wodzie.

Hipopotam zwyczajny jest kilkukrotnie większy, ma oczy, uszy i nozdrza ustawione w jednej linii na wierzchu głowy, żyje w dużych stadach w otwartych rzekach i jeziorach oraz spędza w wodzie większość dnia. Hipopotam karłowaty jest samotnikiem leśnym, rzadko widywanym w otwartej wodzie.

Ze względu na rozmiar i skrytość bywa mylony ze świnią leśną albo z dużym pekari, ale hipopotam karłowaty ma charakterystyczną, nagą i wilgotną skórę, zupełnie inną niż owłosiona sierść tamtych zwierząt.

Hipopotam karłowaty jest tak skryty i rzadko obserwowany w naturze, że przez długi czas europejscy przyrodnicy znali go głównie z relacji miejscowych myśliwych i pojedynczych szczątków, zanim udało się dokładniej zbadać jego zwyczaje.

Występuje wyłącznie w niewielkich, rozproszonych obszarach leśnych Afryki Zachodniej, głównie w Liberii i sąsiednich krajach, gdzie wycinka lasów deszczowych pod uprawy i pozyskiwanie drewna szybko kurczą jego siedlisko. Szacuje się, że na wolności pozostało już niewiele więcej niż kilka tysięcy tych zwierząt.

W ogrodach zoologicznych hipopotam karłowaty rozmnaża się stosunkowo dobrze i prowadzone są programy hodowlane wspierające ochronę gatunku, ale kluczem do jego przetrwania pozostaje zachowanie resztek zachodnioafrykańskich lasów deszczowych, poza którymi gatunek nie ma gdzie żyć.