Margaj ma niezwykle ruchome stawy tylnych łap — potrafi obrócić stopy o pół obrotu. Dzięki temu pewnie schodzi z pnia głową w dół, przebiega po spodniej stronie gałęzi i zawisa na jednej łapie, czego nie umie prawie żaden inny kot.

Margaj poluje nocą, głównie wysoko wśród drzew, chwytając gryzonie, ptaki, jaszczurki i owady. Ma duże oczy, które doskonale widzą w ciemności, oraz długi ogon pomagający utrzymać równowagę podczas akrobatycznych skoków w koronach drzew.

Margaj jest niewiele większy od kota domowego, ale wygląda inaczej: ma proporcjonalnie dłuższe nogi, smuklejsze ciało i bardzo duże, ciemne oczy zajmujące sporą część niewielkiej głowy. To one nadają mu wyraz stałego zdziwienia i pozwalają widzieć w koronach drzew po zmroku.

Ogon jest wyjątkowo długi — u żadnego innego kota tej wielkości nie stanowi tak dużej części całkowitej długości ciała. Łapy są szerokie i miękkie, z ruchliwymi palcami, którymi margaj obejmuje gałąź. Futro jest płowe, pokryte rozetami zlewającymi się na bokach w podłużne łańcuchy.

Ocelot ma niemal identyczny wzór futra i dzieli z margajem zasięg, więc pomyłka jest częsta. Ocelot jest jednak wyraźnie cięższy i krępszy, ma mniejsze oczy, krótsze nogi i krótszy ogon, a poluje przede wszystkim na ziemi.

Trzecim z tej grupy jest oncilla, jeszcze mniejsza od margaja i o delikatniejszej budowie. Wszystkie trzy koty mają smugowaty wzór, więc na zdjęciu bez skali najlepiej patrzeć na proporcje: im większe oczy w stosunku do głowy i im dłuższy ogon, tym bardziej nadrzewny gatunek.

Margaj był w XX wieku intensywnie zabijany dla skór, a jego populacje bardzo się przez to przetrzebiły. Handel ograniczyły dopiero międzynarodowe zakazy. Dziś głównym zagrożeniem jest wycinka lasów tropikalnych — margaj jest z nimi związany znacznie silniej niż ocelot i nie radzi sobie na terenach otwartych.

Odbudowa populacji idzie wolno, bo margaj rozmnaża się rzadko i zwykle rodzi tylko jedno młode. Oznacza to, że każda strata dorosłego zwierzęcia jest odrabiana przez lata, a gatunek reaguje na przetrzebienie znacznie gorzej niż koty rodzące liczne mioty.

Zaobserwowano u niego zachowanie, które długo uchodziło za opowieść myśliwych: margaj naśladował głos młodej małpy, żeby zwabić dorosłe zwierzęta w zasięg skoku. Obserwację udokumentowano w Amazonii i jest to jeden z nielicznych opisanych przypadków, gdy dziki kot naśladuje dźwięk wydawany przez swoją zdobycz.